在清光緒年間時民風未開的社會，台南新樓女學校(長榮女中前身)的開辦爲女性教育與民智開化有著極大貢獻。身為基督教長老教會學校，以基督教基本思想「信、望、愛」為校訓，坐落於臺南市東區緊鄰臺南一中與長榮中學。辦學本著人本教育的精神，凡事以人為優先考量原則，並於校內開設人生哲學課程，以幫助學生建立正確的人生觀。

校內著名的紅樓建於 1923 年，已有近百年的歷史，是目前臺南市東區內保持相當完整的日治時代建築，也是長榮女中精神代表與象徵，目前正接受文化局補助進行古蹟修繕工程中。

十九世紀末也是基督教宣史上的重要時期，在歐美各地的教會掀起了向殖民地和異教徒傳教的熱潮，並且隨著天津條約 (1858) 與北京條約 (1860) 的簽訂，中國與臺灣亦成為宣教的地區。來台的長老教會宣教會以大甲溪為界，大甲溪以南〈南部〉為英國長老教會，大甲溪以北〈北部〉為加拿大長老教會。

宣教師為了傳揚上帝的福音，在差會母國的經濟資助下，對臺灣的醫療、教育與社會服務工作做出極大的貢獻。

1860 年，在英國長老教會杜嘉德牧師(Douglas Carstairs)建議下，將臺灣列入宣教區，並優先安排醫師背景的宣教士前往；1865 年馬雅各醫生成為首位來台的宣教士，起初以人口較多的府城為傳教據點，而後因看西街事件轉以打狗傳教，開始向今日的高雄地區與臺南內山平埔族地區傳教；1867 年 12 月抵台的李庥牧師，來台後協助馬雅各醫生宣教，更是將醫療與宣教做了完美的結合。

1868 年馬雅各醫生返回府城後，打狗與府城即成為南部宣教的兩個重要據點，開始向東部地區傳教，至 1872－1873 年傳教站急速增加，1874 年即有 22 處。

此時的長老教會迅速擴展，但是當時的宣教士人數不足，而且外國宣教士水土不服與聘用費用較高，並發現信徒的信仰不如預期中的堅定，因此決定鞏固現有基礎，積極培養本地傳教人員，希望藉由本地人向本地人傳教來達到更好的成效，因而在 1876 年合併打狗及臺灣府的「傳道師養成班」，並在臺南正式設立神學院〈時稱臺南大學〉，於是臺灣府遂成為傳教的核心地區。

而隨著神學院的設立招生後，亦發現所招收的學生程度不齊，神學院的教師需多花費時間教導一般課程，增加任課教師的負擔，因此開始有了設立「教會中學」的討論。

根據該差會百年史(1847－1947)的統計，差會在差遣宣教士時會分為三類：教牧宣教士、教育宣教士、醫療宣教士，這三類來華的宣教士比例為 4:2:1，可見當時長老教會對教育工作有相當程度的重視。

長榮女中的設立亦是由英國長老教會的差會所提出的，最先提出設立女學的是在台的宣教師李庥牧師，當時李庥夫婦深入本地人教區時，他們經常對弱勢家庭提供醫療與金錢上的援助，目睹臺灣婦女遭受纏足陋習之束縛，社會地位低落，對臺灣女性卑微束縛的處境格外同情，他認為信仰若要健全的發展一定要重視婦女教育，因為婦女是家庭信仰的中心，1879 年即開始，李庥牧師即積極的爭取女宣與倡設成立女學，以改善婦女的境遇，並培養教會內婦女工作人員。

然從許多相關的教會史話記載，自教會來華宣教興辦教育之始，就非常的提倡女學希望充實婦女知識與能力，因為當時社會封閉，男女之防甚嚴，若要向婦女傳教必定得培養女傳道人來從事婦女宣教事業，再者也可利用婦女在家庭中的影響力，去感化家人，使家人信教。所以提倡女學有助於傳教並訓練其為宣教助手，或當教師或成為信徒之妻子，對教會都是有裨益的。因此當時的在台的英國長老教會在倡導新式女子教育觀念與興辦女學方面，可以說是扮演了近代臺灣女子教育的先驅角色。