女學校開創之初，校內大小事務均由文安與朱約安二姑娘主持，教師有四位，除了文姑娘與朱姑娘外，還有一位女老師與許秀才；翌年萬真珠宣教師抵台參加女學校的教育工作，直到1903年均由這三位女宣教師輪流主持校務，一人管理校務，另二人則巡迴鄉村協助教會或去探訪新樓醫院。

長女赤嵌樓 1903年（民國前8年）英國女宣道會派盧仁愛教士（Miss Jeanie　A.Lioyd）到本校負責教務，翌年主持校政，是本校第一任校長 。盧校長對發展女學校不遺餘力，到1918年學生人數增加，原有校舍已無法容納，盧校長極力奔走募款購得三甲地，即本校目前校址 。盧校長並興建長榮大樓與一棟木造二樓建築供餐廳用，此建築學生稱為赤嵌樓。1923年11月28日舉行落成典禮 。學制改為預科四年，本科四年之二級制。學生人數增至二百五十名。 

1927年（民國16年）本校四十週年校慶，盧校長懇辭，轉任神學校女子部，由吳瓅志教士(Miss J. W. Galt) 繼任校長，吳校長是位教育家，在她任內女校教育水準日漸提高，廢除小學制改為正式的中學，增建教員宿舍，充實教學設備；並於1933年(民國22年)建雨天體育場即今之活動中心，1935年(民國24年)建文安館(於現今高中部大樓位置)，1937年抗日戰爭發生，日本政府加強對台灣教育的控制，強制本校聘用日人為校長，吳校長被迫辭職返英。

此時期學校開有漢文－三字經，漢譯聖經，詩經，算術，代數，幾何，日語，地理，理家，生理學，體育，家庭衛生及育兒法，天文學 。大部分文具均由英國送來，學生只要自購漢文課本 。教學上特別重視生活教育，文安姑娘所公佈的十條校規，學生必需嚴守，住宿生均要輪流煮飯作菜，宿舍教室內外隨時要擦拭乾淨。 宗教教育就更不用說了，教師大多是基督徒，學生必須研讀聖經，每天四次禮拜，星期日均要上教堂作禮拜，遇有困難不能解決就舉行禱告會求得解決的辦法。

雨天體育場

吳校長因日本政府的逼迫而返英，日本基督教大會推荐植村環女士為校長，她於1937年二月到任，恰逢本校五十週年校慶，然而在任僅九個月即辭職返回東京，她是日本著名的聖經學者，大戰結束後受聘為日本皇太子的教師。

1937年12月番匠鐵雄牧師繼任第四任校長，全校師生共同努力於1939年通過考試，正式得到日本政府承認為四年制女子中學，本校更名為 "長榮高等女學校"，所收的學生都是受過六年小學教育畢業者。

此時期每學年分三學期，第一學期由四月到七月，第二學期由九月到十二月，第三學期由一月至三月。1941年世界大戰轉激太平洋戰爭爆發，學校也因而進入緊張狀況，生活困苦，全校師生利用空襲斷續的停課時間，在校內空地栽種農作物，並飼養雞鴨共渡患難。

當時日本政府為宣揚日本神道，干涉本校不可自由教授聖經，學校不顧此干涉，一直保持聖經課程，維護傳統的基督精神 。日本政府亦嚴禁學生學習漢文並強迫使用日語，當時的學科有：日文，公民，歷史，地理，算術，代數，幾何，英語，美術，音樂，理化，家事；尤重音樂教育，設有風琴，鋼琴個別指導，每年舉行二次音樂會，每週舉行音樂欣賞會 。此時本校的體育風氣也非常興盛，屢次奪得台南女子田徑賽和排球賽冠軍。

台灣光復後，番匠校長及全部日籍老師都被遣散歸國，學校改為六年制普通高中；分為初中三年，高中三年 。校名改為"臺南市私立長榮女子中學"董事會聘劉主安先生為校長 。於太平洋戰爭期間返國的米真珠教士，劉路得教士前後返校，英國長老會又先後派梅佳蓮(Miss Kathleen Moody) ，巴瑪俐 (Miss T. M. Barclay ) 二位教士到本校協助教學與宗教活動。

此時期生物研習，英語會話與音樂教育是學校的特色，英語會話課由初一上到高三，聖歌隊時常訪問教會獻詩，或舉行演唱會，合唱團則連年奪冠 。校內亦設有琴室數間，有鋼琴老師指導喜好此藝的學生。

宗教教育當然也是特色，每天早上的晨間禮拜是每位學生必須參加的活動，各班每週均有一節宗教課，每年聖誕節的晚會是學生最興奮的日子，往往吸引大批觀眾前來觀賞 。可惜民國58年每週一小時的宗教課被教育部認為與教育課程不符遭廢止。

民國六十三年一月劉主安校長退休，由劉青眼校長接任 。劉青眼校長一就任即籌設職業科，當年即獲教育廳批准，於六十三學年度開始招生，本校正式由普通高中變為綜合高中。當時設綜合商業科三班，會統科二班，觀光事業科一班，次年綜合商業科又增一班並增設綜合家政科，學生人數快速增加舊校舍已不足使用，劉校長採以校建校的原則賣掉校園東南角一部分土地，興建一座四層教室大樓，民國六十五年落成供職業科使用。

民國六十八年劉青眼校長赴美，由陳來治校長接任，陳校長為本校校友，又是位建築師，她未婚掌校，把所有的心力貢獻母校，在任三年完成家政大樓與新文安館，並於民國七十年增設美容科 。為順應資訊時代的需要，於七十一年設電腦教室，全校商業類科學生全面上電腦課。

民國七十一年陳校長離校由謝叔陽校長接掌本校 。謝校長曾擔任本校導師，校牧，校長秘書，故了解學校各個層面。謝校長特別強調輔導工作，鼓勵全校師生以"惟信望愛"為座右銘。

民國七十六年(公元1987年)學校百週年時並與董事會商討興建大禮堂，使學校各項活動可在校內舉行 。當年亦增設夜間部延教班。民國七十八年配合社會需求將會統科改為資料處理科並於八十一年建資訊樓。民國八十二年國中部恢復招生，八十三年建國中部大樓並整建高中部大樓 。使二棟連成一體。

於八十九學年度招收綜合高中，並增設應用外語科、幼兒保育科，並停招服裝科。今後本校將以多方面發展之綜合中學，為社會、國家負起造就莘莘學子與輔導失學青年的雙重大任。