光復後，因番匠校長及全部日籍老師都被遣散歸國，學校即進行相關改組以符合當時中華民國教育法令。

學制改為六年制普通中學，分別為初中三年及高中三年，並由董事會聘請劉主安先生為第五任校長。

主安校長於 1928 年結婚後，即赴日本東京工業大學攻讀化工，畢業後轉往英國劍橋大學深造。回台後除在長榮中學及台南神學院任教，民國 18 年亦被聘為本校物理、化學老師，對於科學教育貢獻極大。

此時，於太平洋戰爭期間返國的米真珠教士，劉路得教士前後返校，英國長老會又先後派梅佳蓮(Miss Kathleen Moody)，巴瑪俐 (Miss T. M. Barclay ) 二位教士到本校協助教學與宗教活動。在此時期生物研習、英語會話與音樂教育是本校一大特色，英語會話課由初一學習至高三，聖歌隊時常透過訪問教會獻詩或舉行演唱會，校內合唱團更是連年奪冠。

其中，返校的米真珠教士在校教授英文、數學；劉路得教士教授英文會話及宗教課程；梅佳蓮教士教授音樂及英文會話；巴瑪俐教士教授生物實驗及英文會話。在不斷透過學識的校內教學及宗教教育的心靈培養與宣揚福音，配合假日帶領學生前往各地舉辦研習會及比賽，當時的學生參加的比賽可說是捷報連連。而校內活動不斷，每年聖誕節的晚會更是學生最興奮的日子，往往吸引大批觀眾前來觀賞。

而自主安校長帶領本校以來，本看基督精神推行愛的教育，學校校務不斷提升，不但教學進步，設備亦日漸充實。

1947 年本校創校六十周年時，校友會邀請前校長吳瓅志教士返校參加慶典，當她返校見到了學校的進步時，非常欣悅的說：「這所學校一直是耶穌基督福音的見證」。而 1955 年時更得董事會、校友會與家長會的資助，購得校園東南方空地一千八百坪，並興建米真珠紀念圖書館。

1957 年屆創校七十周年校慶，校友再從英國邀請前校長吳瓅志教士返校，是日並舉辦紀念禮拜、展覽會、運動會、聚餐、及米真珠紀念圖書館落成典禮。此後陸續興建學生宿舍、教職員宿舍、科學館、仁愛館、主安館。
1968 年屆本校八十週年校慶時，當日舉行的紀念禮拜、運動會及聚餐，很多校友返校同慶。更難得的是第一屆校友林宇女士，以九十四的高齡回到母校同慶，她的小學妹們高興地扶著她參加各項活動，她看到長女的成長，興奮得無以言喻。

可惜，在 1969 年時因教育部認為每周一堂的宗教課與教育課程不符廢止，但本校始終因良好的宗教信仰來培育學子的生活態度，卽使學生不能接受信仰，也能生活教育帶來素養變化。

1974 年劉主安校長於本校累計服務 44 年，其中校務行政主持 28 年又 3 個月，於 1 月辦理榮退。