番匠校長接任後，日本政府有意昇格本校為新學制的高等女學校，但要求本校參加檢定考試。
1939 年在番匠校長、井川直衛教務主任與全體師生的共同努力之下，本校順利通過檢定考試並正式獲得日本政府的承認，並依照日本文部省（相當於現今教育部）學制規定，成為四年制女子中學，校名亦更改為「長榮高等女學校」。

📊 當時學校規模：
學生人數：增至 650 名
教師人數：約 30 名
寄宿學生：佔全校學生 80%

世界大戰轉激，太平洋戰爭爆發。學校因而進入生活困苦的緊張狀況，全校師生利用空襲斷續的停課時間，在校內空地栽種農作物，並飼養雞家共度此一時期。

在番匠校長努力完備各種教學設備的狀況下，不僅設有美術、書法、英語會話、珠算、簿記、插花、理化實驗等的課外特別指導，尤其注重音樂教育，設有風琴、鋼琴個別指導，每年舉行二次音樂會，每週舉行一次音樂欣賞會。
此時本校的體育風氣也非常興盛，屢次奪得台南女子田徑賽和排球賽冠軍。

台灣光復與改制：
台灣光復後，番匠校長及全數日籍老師都被遣散歸國。但也因為番匠校長在本校的經歷，歸國之後在石川縣北陸學院繼續任教，因而促成 1985 年本校與北陸學院締結姊妹校一事。

此時的長榮高等女學校改制為六年制普通高中，分為初中及高中各三年，並改名為「台南市私立長榮女子中學」。
同年，董事會聘請劉主安先生擔任第五任校長。